Фамилия Маджугина — женская форма фамилии Маджугин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Маджуга. В русской ономастике это редкий случай, и корень здесь, скорее всего, не славянский, а тюркский или кавказский.

Слово «маджуга» могло иметь два значения. Первое — от тюркского «маджар» (венгр, мадьяр). В южнорусских говорах и в казачьей среде так могли называть выходца из Венгрии или человека, чем-то похожего на венгра (например, говором или одеждой). Второе, более правдоподобное для фамилии с суффиксом -ин, — это прозвище от кавказского или тюркского «маджу» (маленький, младший). В таком случае Маджуга — ласкательное или уменьшительное прозвище младшего сына, подростка или невысокого мужчины. Суффикс -уга в русских прозвищах (ср. Ванюга, Петруга, Сергуга) часто придавал слову оттенок фамильярности или указывал на возраст.

Фамилия Маджугин могла закрепиться в регионах активных контактов с тюркскими и кавказскими народами: в Поволжье, на Дону, Кубани или в Астраханской губернии. Там прозвище Маджуга могло дать начало целому гнезду фамилий, но Маджугин — одна из самых компактных и редких форм.

Словообразовательная модель проста: к основе Маджуг- добавился типичный русский патронимический суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть сын или потомок Маджуги. Фамилия осталась в рамках крестьянской или мещанской среды, не получив дворянского распространения, что типично для прозвищ, возникших из бытовых или этнических характеристик.

Встречаемость фамилии сегодня невысока, и это позволяет предположить, что все носители Маджугиных могут восходить к одному роду или нескольким локальным ветвям, не разошедшимся широко по стране.