Фамилия Магдажинова — редкая и сложная для однозначной этимологии. В ней отчетливо проступает восточный, тюркский или кавказский след, что сразу отличает её от большинства русских фамилий на -ов/-ев.

Основу фамилии составляет корень «Магдаж-». Здесь возможны две основные версии. Первая: это вариант имени Магди (арабское «ведущий правильным путем») или Магомед (через диалектные формы Магда, Магди). В таком случае фамилия означает «потомок/принадлежащий человеку по имени Магди/Магомед». Вторая, более специфическая версия: в некоторых тюркских языках «магда» или «магды» означает «счастье», «удача». Тогда прозвище Магдаж могли дать счастливому или удачливому человеку.

Суффикс «-ин(а)» в данном случае не указывает на принадлежность отцу (как в русских фамилиях), а скорее выполняет роль русифицирующего окончания, адаптируя нерусскую основу под патронимическую модель. Фамилии с таким оформлением характерны для народов Поволжья, Северного Кавказа и Закавказья, где в XIX–XX веках активно шла запись фамилий по русским образцам. Окончание «-ова» — это женская форма, то есть Магдажинова — это женщина, а мужской вариант фамилии звучал бы как Магдажинов.

Географически фамилия с высокой вероятностью локализуется в регионах с тюркским или кавказским населением: Дагестан, Чечня, Татарстан, Башкортостан или Азербайджан. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении от одного рода или села. В дореволюционных справочниках и переписях она не фиксируется — вероятно, фамилия окончательно оформилась в советское время, когда паспортизация закрепила за многими семьями именно такую форму.

Таким образом, предки носительницы фамилии Магдажинова — скорее всего, выходцы из мусульманской среды (тюркской или кавказской), носившие личное имя или прозвище Магдаж. Фамилия не несет сословного оттенка — она могла принадлежать как крестьянам, так и горцам, ремесленникам или мелким торговцам.