Фамилия Магдалинов — редкий случай в русском ономастиконе, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не профессия, а топоним, восходящий к библейскому женскому имени. На первый взгляд кажется, что перед нами отчество от имени Магдалина (как, например, Иванов от Иван). Но в русской традиции женские имена почти никогда не становились прямой основой для фамилий — это исключение, и оно требует объяснения.

Ключ к разгадке — суффикс -ов. Если бы фамилия образовалась напрямую от имени Магдалина, она звучала бы как Магдалинин (с суффиксом -ин, характерным для отчеств от женских имён, ср. Марьин, Татьянин). Суффикс -ов однозначно указывает, что основа — не имя женщины, а название места: село, деревня или хутор Магдалинов(о). Такие фамилии давали крестьянам, переселившимся из одного населённого пункта в другой, или помещикам, владевшим землёй с таким названием. В России и на Украине известно несколько сёл с названием Магдалиновка (например, в Днепропетровской области), а также хуторов Магдалинов. Названия эти, в свою очередь, связаны с церквями или монастырями в честь святой равноапостольной Марии Магдалины.

Таким образом, Магдалинов — это «выходец из Магдалинова». Фамилия подчёркивает не личную связь с библейским персонажем, а географическое происхождение предка. В сословном смысле носители такой фамилии — скорее всего, государственные крестьяне или однодворцы южных губерний России, где были распространены «именные» сёла, названные в честь святых или храмов. Встречается фамилия редко, преимущественно в южнорусских и украинских областях, и не имеет отношения к дворянству — помещичьи фамилии чаще образовывались от названий имений без суффикса (например, князь Магдалинов — нонсенс, скорее было бы Магдалинский).

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде духовенства: семинаристы иногда получали фамилии по названию церковного праздника или храма, где служил отец. Но в таком случае ждали бы форму Магдалинский (с суффиксом -ский, типичным для искусственных семинарских фамилий). Вариант Магдалинов — народный, «земной», указывающий на конкретный хутор, а не на абстрактную святость.