Фамилия Магдалина звучит необычно для русской среды: её основа — библейское имя, но суффикс -ин указывает на типично русскую модель образования. Это редкий случай, когда фамилию произвели напрямую от женского имени, причем имени, которое в народной среде почти не встречалось. Магдалина — не крестильное имя, а прозвище Марии из города Магдалы, закрепившееся в Евангелиях. Как фамилия, она могла возникнуть двумя путями.

Первый и самый вероятный — семинарский. В духовных училищах XVIII–XIX веков будущим священникам и дьяконам нередко давали фамилии по церковным праздникам, иконам или библейским персонажам. Фамилия Магдалина могла достаться выпускнику, который учился при храме или монастыре в честь святой Марии Магдалины, либо просто по решению начальства, любившего «благозвучные» книжные фамилии. Такие фамилии часто оканчивались на -ин, -ский или -ий, и Магдалина здесь стоит в ряду с Троицким, Успенским, Рождественским.

Второй путь — прозвище, данное женщине в крестьянской или мещанской среде. Если в округе была набожная, строгая женщина по имени Мария, которую за сходство с евангельской героиней прозвали Магдалиной, то её дети или внуки могли получить фамилию по этому прозвищу. Но это редкий случай: женские прозвища редко становились фамилиями, а если и становились, то обычно в форме Магдалинин, а не Магдалина.

Суффикс -ин в фамилии Магдалина работает не так, как в фамилиях от мужских имён (Иван — Иванов, Пётр — Петров). Здесь он указывает на принадлежность женщине: «чей?» — Магдалинин сын, но со временем окончание стянулось, и фамилия закрепилась в форме именительного падежа. Такое встречается у фамилий от женских основ, например, Марьин, Натальин.

По сословному составу носители фамилии Магдалина почти наверняка были выходцами из духовенства. В дворянских или купеческих родах такая фамилия не зафиксирована. Географически она встречается точечно — в центральных губерниях России и на Украине, в местах, где были женские монастыри во имя Марии Магдалины.

Однокоренных фамилий немного: Магдалинский — более очевидная семинарская форма, а также Магдалинов, которая встречается у украинцев и образована по мужской модели. Сама фамилия Магдалина остаётся редкой и легко узнаваемой, потому что прямо отсылает к библейскому тексту, а не к бытовому прозвищу или ремеслу.