Фамилия Магдалин — один из тех редких случаев, когда русская фамилия напрямую восходит к библейскому имени, а не к прозвищу или профессии. В её основе лежит имя Магдалина, которое в христианской традиции прочно связано с Марией Магдалиной. Само прозвище «Магдалина» означает «уроженка города Магдала» (на берегу Галилейского озера). Таким образом, фамилия Магдалин — это не «сын Магдалины» в буквальном смысле, а скорее притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: чей сын? — Магдалина.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Обычно женские имена давали фамилии с суффиксом -ин (Марьин, Аннин), а мужские — с -ов/-ев. Но в случае с Магдалин мы видим суффикс -ин, присоединённый к основе женского имени, что в русской традиции встречается реже. Такая форма могла возникнуть, если отца в семье звали Магдалином (редкое каноническое имя, которое давали в честь святой, но в мужском варианте) или если фамилию дали по матери — вдове или женщине, которая одна воспитывала сына. Второй вариант правдоподобнее: в переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются записи «Магдалин сын» — то есть сын женщины по имени Магдалина.

Фамилия Магдалин — редкая и почти не имеет географической привязки. Она не образует гнёзд, как, например, Ивановы или Кузнецовы. Встречается спорадически, чаще всего в центральных губерниях России и в среде духовенства. Семинарские фамилии нередко брали из библейских имён, и Магдалин могла быть дана выпускнику духовной семинарии — либо в честь святой, либо по названию храма (например, Магдалининской церкви). В среде крестьян и мещан фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её «книжное», искусственное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Магдалинский — более типичный семинарский вариант (с суффиксом -ский, означающим принадлежность к храму или местности). Магдалин же — более архаичная и редкая форма, сохранившая старую модель «имя + -ин» без дополнительных суффиксов. Встречается также написание Магдалинов, но это уже более поздняя русификация по образцу отчества на -ов.

Таким образом, носитель фамилии Магдалин с высокой вероятностью происходит из среды духовенства или из семьи, где мать играла ключевую роль в определении фамилии. Это не «ремесленная» и не «географическая» фамилия, а личная, именная — и в этом её своеобразие.