Фамилия Магдалинин — редкий случай в русском ономастиконе. Она не образована от мирского имени, ремесла или внешности предка, а напрямую восходит к библейскому имени Мария Магдалина. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Магдалинин, то есть «сын или слуга человека, связанного с Магдалиной». Но здесь есть нюанс: в отличие от фамилий вроде Иванов или Петров, основа Магдалин- вряд ли была крестильным именем в народе. Скорее всего, прозвище Магдалина давали либо человеку, родившемуся в день памяти святой (22 июля по старому стилю), либо тому, кто чем-то напоминал её — например, длинными волосами или особой набожностью.

Словообразовательная модель проста: к основе Магдалин- прибавлен типичный русский фамильный суффикс -ин. Это указывает, что фамилия сложилась в среде, где господствовал «именной» тип фамилий — чаще всего у крестьян и духовенства. В среде священнослужителей такие «библейские» фамилии были особенно распространены: семинаристы нередко получали фамилии по праздникам, иконам или церковным персонажам. Магдалинин могла возникнуть именно как искусственная семинарская фамилия — от названия храма или придела в честь Марии Магдалины. В таком случае предок был либо священником, либо учился в духовном училище, где ему «переделали» фамилию на церковный лад.

Географически фамилия крайне редкая. В дореволюционных метрических книгах она встречается точечно — например, в Тверской и Смоленской губерниях, а также в южных регионах, где были храмы Марии Магдалины. Не стоит путать её с украинской фамилией Магдалинский (с суффиксом -ский, типичным для польско-украинской традиции). Магдалинин — чисто русская форма, с уменьшительно-притяжательным окончанием, что подчёркивает её происхождение от конкретного человека, а не от географического названия.

В быту такая фамилия могла сокращаться или искажаться: в документах XIX века встречается вариант Магдалинов (под влиянием более частотной модели на -ов), но исходная форма на -ин сохранилась в немногих семьях. Если ваш предок носил фамилию Магдалинин, он почти наверняка был выходцем из церковной среды или жил в местности, где почиталась святая. Других версий — от тюркских или еврейских корней — нет, основа однозначно христианская и книжная.