Фамилия Магдалинский — одна из тех, что сразу выдают своё церковное происхождение, но с неожиданным смысловым поворотом. Она образована от имени Магдалина, которое в переводе с иврита означает вовсе не «кающаяся грешница», а «из города Магдалы». Само название Магдала восходит к корню «магда» и переводится как «башня, возвышенное, укреплённое место, крепость». Так что в основе фамилии лежит не столько образ конкретной святой, сколько указание на географию: предок носителя мог быть назван в честь Марии Магдалины либо родиться в день её памяти.

Фамилия строится по типичной модели с суффиксом -ский, который в русской ономастике чаще всего указывает на принадлежность к местности или к роду. Здесь он присоединён к основе Магдалин-, что даёт значение «относящийся к Магдалине» или «происходящий от Магдалины». Такие фамилии обычно носили выходцы из духовного сословия: семинаристы или священники, которым при поступлении в училище давали «благозвучную» фамилию по церковному календарю. Магдалинский — типичный случай искусственной семинарской фамилии, а не уличного прозвища.

Встречается фамилия преимущественно в западных и центральных регионах бывшей Российской империи, особенно на Украине и в Беларуси, где была сильна традиция давать фамилии на -ский выпускникам духовных училищ. В польском языке существует аналогичная форма Magdaleński, что указывает на возможное католическое влияние. В России фамилия редка, но не исчезла полностью: её можно найти среди потомков сельских псаломщиков и дьячков XIX века.

Интересно, что фамилия Магдалинский стоит в одном ряду с более частыми Вифлеемский, Гефсиманский, Иорданский — все они образованы от библейских топонимов через женское имя. Однако в отличие от них, Магдалинский сохраняет прямую связь с личным именем, а не с местом напрямую. Это делает её промежуточным звеном между «именными» фамилиями (вроде Иванов) и «географическими» (вроде Ростовский).