Фамилия Магдыбор — редкая и нестандартная по своему строению. В ней нет привычных для русских фамилий суффиксов -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами сложное слово из двух корней, что для славянских фамилий нетипично. Первая часть «Магд-» явно восходит к имени Магда (краткая форма от Магдалина). Вторая часть «-бор» может означать либо «борьба» (от глагола «бороться»), либо «бор» (сосновый лес). Соединение имени и действия в одной фамилии — признак искусственного, книжного происхождения.

Вероятнее всего, фамилия Магдыбор возникла в среде духовенства. В семинариях XIX века ученикам нередко давали «говорящие» фамилии, составленные из значимых корней. «Магдыбор» могло означать «борющаяся за Магдалину» или «борец за веру Магдалины» — отсылка к святой Марии Магдалине, одной из самых почитаемых фигур в христианстве. Такую фамилию мог получить выпускник духовной семинарии, которому хотели подчеркнуть его религиозное рвение или посвящение.

Менее убедительна версия о прозвищном происхождении. В народной среде сложное имя-оберег вроде «Магдыбор» (например, «Магдой борющийся») звучит неестественно: прозвища обычно строились по более простым моделям. Кроме того, географическая привязка к местности с названием Магдыбор не прослеживается — ни в старых, ни в современных справочниках населённых пунктов с таким именем нет.

Таким образом, Магдыбор — почти наверняка искусственная семинарская фамилия. Она выделяла своего носителя среди крестьян и мещан с типовыми фамилиями на -ов, указывая на его образованность и принадлежность к церковной среде. Встречается она крайне редко, в основном у потомков духовенства западных и южных регионов Российской империи.