Фамилия Магдибор — редкая и структурно необычная для русского ономастикона. Если отбросить типичные славянские суффиксы, бросается в глаза основа, которая не похожа ни на крестильное имя, ни на привычное прозвище. Скорее всего, перед нами искусственная или семинарская фамилия, причём образованная по модели, характерной для украинского или польского влияния.

Ключ к разгадке — вторая часть «-бор». В русских фамилиях этот компонент обычно указывает на борьбу или собирательство (например, Добробор, Бородулин — но там другая этимология). В данном случае «бор» может быть усечением от «борец» или «бороться». Первая часть «Магди» — почти наверняка искажённое или сокращённое имя Магдий, которое восходит к библейскому Магдиэлю (в некоторых переводах — Магдиил). В семинарской среде было принято «переводить» фамилии на латынь или греческий, либо создавать новые из библейских корней. Так, от имени Магдий могли образовать фамилию Магдибор, вложив в неё смысл «борющийся за Магдия» или «воин Магдия», по аналогии с греческими сложными именами вроде Христофор (несущий Христа).

Есть и более прозаичная версия: «Магди» может быть тюркским или кавказским компонентом, например, от слова «магди» (святой, праведник в исламе). В таком случае «бор» — это тюркское «бор» (есть, имеется) или персидское «бор» (неси). Тогда фамилия могла означать «имеющий святого» или «обладающий благодатью». Но эта версия менее вероятна, так как фамилия с таким окончанием (-бор) в славянской среде чаще всего переосмыслялась как «борец» или «воин».

Географически фамилия Магдибор встречается в основном на западе Украины и в южных регионах России, что подтверждает её возможное семинарское происхождение: такие фамилии давали выпускникам духовных училищ, часто из польско-украинских земель. Носители могли быть выходцами из духовного сословия, где ценились «говорящие» фамилии с религиозным подтекстом. В любом случае, это не крестьянская фамилия по прозвищу, а книжная, составленная искусственно — редкий пример, когда имя превратили в целую фразу.