Фамилия Маглочян — армянская по происхождению, и её разумнее всего анализировать в контексте армянской ономастики, а не славянской. Главная подсказка — формант «-ян», один из самых распространённых патронимических суффиксов в армянском языке (наряду с «-янц»). Он означает принадлежность к роду, происхождение от предка: буквально «из рода такого-то» или «сын такого-то». В диаспорах, особенно в русскоязычной среде, написание часто упрощалось до «-ян» вместо более раннего «-янц».

Основа фамилии — «Маглоч». Скорее всего, это вариант армянского имени или прозвища. Наиболее правдоподобная версия связывает её со словом «магл» (մագլ) — в некоторых диалектах армянского языка так называют человека с густыми, вьющимися или спутанными волосами, иногда — косматого, лохматого. Суффикс «-оч» (или «-ич») в армянских именах и прозвищах часто выполняет уменьшительно-ласкательную или уничижительную функцию, превращая характеристику в личное прозвище. То есть Маглоч — это «лохматый» или «кудрявый», а Маглочян — «из рода кудрявого».

Встречается и другая, менее распространённая гипотеза: корень может восходить к тюркскому «маглы» (облачный, пасмурный) или даже к арабскому «маглюб» (побеждённый, перевёрнутый), но для армянской фамилии такие заимствования маловероятны без дополнительных исторических свидетельств. Географически фамилия Маглочян тяготеет к западным регионам исторической Армении, в частности к району Сасуна (ныне на юго-востоке Турции). В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Маглочяна, Маглочяну и т.д., женский вариант не склоняется.