Фамилия Магнусов — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение сразу выдаёт не крестьянские корни, а книжную или духовную среду. В основе лежит латинское слово magnus — «великий». В средневековой Европе это имя (Магнус) носили короли и святые, но в Россию оно попало через латынь, язык образования и церкви.

Словообразовательная модель проста: к основе «Магнус» добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Так возникла фамилия Магнусов, то есть «сын Магнуса». Однако важно понимать: в крестьянской среде имя Магнус не встречалось. Его могли давать при крещении в семинариях — как «благозвучное» латинское имя, которое носил, например, святой Магнус из Фюссена. Или же фамилию получали выпускники духовных училищ, где часто переделывали русские фамилии на латинский манер: Смирнов мог стать Миртовым, а Кузнецов — Фабрициусом. Магнусов мог возникнуть как «перевод» фамилии Великов или Великанов — от того же magnus.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла принадлежать обрусевшим потомкам выходцев из Прибалтики или Швеции, где имя Магнус было распространённым. В таком случае носитель — не переименованный семинарист, а потомок остзейского немца или шведа, который в XVIII–XIX веках поступил на русскую службу. В пользу этого говорит и то, что фамилия Магнусов встречается в дворянских родословных книгах, например, по Санкт-Петербургской губернии.

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она фиксируется в основном в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, а также в Поволжье, что может указывать на миграции духовного сословия. В любом случае, предки носителя фамилии Магнусов были людьми грамотными — либо учились в семинарии, либо имели иностранное происхождение и служили в России.