Фамилия Магомаалиева — редкий случай в русском ономастиконе, где арабское имя встретилось с русским суффиксом принадлежности. В основе лежит мужское имя Магомаали, которое состоит из двух частей: «Магом» (искажённое Магомет, то есть пророк Мухаммед в дагестанской и чеченской огласовке) и «али» (высокий, возвышенный, арабское имя Али). Вместе имя толкуют как «Магомет, возвеличенный» или «Магомет и Али» — распространённая модель двусоставных имён у народов Кавказа, где соединяют имена двух почитаемых в исламе фигур.

Суффикс -ева указывает на женскую форму фамилии, но в быту она может использоваться и как неизменяемая для женщин, и как основа для мужского варианта Магомаалиев. Такая модель образования типична для фамилий, которые возникли в XIX–XX веках у народов Дагестана, Чечни и Ингушетии при русификации документов: к местному имени добавляли русский патронимический суффикс -ов/-ев, реже -ин. Носитель фамилии — потомок человека по имени Магомаали, и фамилия закрепилась за его родом (тухумом или тейпом) в советских паспортах.

Географически фамилия привязана к горным районам Дагестана, особенно к аварским и даргинским селениям, где имя Магомаали встречается как традиционное. Встречается она и у чеченцев, но реже. В русском языке фамилия выглядит непривычно из-за стечения гласных, но для кавказской ономастики это нормально — слияние двух имён в одно даёт длинные основы, которые при записи сохраняют исходную структуру.

С точки зрения сословной принадлежности фамилия не несёт маркеров дворянства или духовенства: её носители — в основном крестьяне-горцы, которые получали фамилии по имени деда или отца при первой переписи. В отличие от русских фамилий на -ский, которые часто указывали на владение землёй, Магомаалиева — чистая патронимия, «дочь/внучка Магомаали».

Сравнение с однокоренными фамилиями: Магомадов, Магомедов, Магомаев — все восходят к той же основе «Магом», но Магомаалиева стоит особняком из-за второй части «али». Это не просто «сын Магомеда», а указание на конкретное полное имя предка, что делает фамилию более точной генеалогической меткой.