Фамилия Магперов — редкая и неочевидная с точки зрения русской ономастики. Если отбросить версию о случайном искажении при переписи (что всегда возможно, но недоказуемо), то наиболее вероятное объяснение лежит в профессиональной или прозвищной основе из тюркских языков.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов присоединён к основе Магпер. Эта основа, скорее всего, восходит к тюркскому слову «магпер» или близкому к нему «магбер». В ряде тюркских наречий (например, в каракалпакском или ногайском) «маг» означает «масло», «жир», а «пер» или «бер» — «дающий». Таким образом, «магпер» — это «маслодатель», «тот, кто даёт масло». Прозвище могли дать человеку, который занимался сбиванием или продажей масла, либо содержал маслобойню. В крестьянской среде такое занятие было заметным и давало устойчивое прозвище.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени Магпер, которое могло быть составным: первая часть «маг» (от арабского «малик» — владелец, царь) вторая — «пер» (лучик, свет). В этом случае имя означало бы «светоч владыки» — что для простонародья маловероятно, но могло быть у потомков духовных лиц или пришлых людей из Средней Азии.

Географически фамилия Магперов тяготеет к южным регионам России — Астраханской области, Калмыкии, Ставрополью, а также к странам Средней Азии. Встречаемость крайне низкая, в списках массовых фамилий её нет. Русское окончание -ов указывает, что носители фамилии давно живут в русскоязычной среде и фамилия была адаптирована по русской модели ещё несколько поколений назад.

Социальный контекст: в отличие от дворянских или купеческих фамилий, Магперов — фамилия крестьянская или мещанская, образованная от бытового прозвища по роду занятий. Никаких следов знатного происхождения или связи с известными историческими родами у неё нет. Единственное, что выделяет её на фоне однокоренных (Магпетов, Магберов) — это редкость и звонкое сочетание звуков, которое сразу бросается в глаза в любом списке.