Фамилия Магуськина образована по распространённой у славян модели: к основе прозвища или имени добавлялся суффикс принадлежности -ин, а затем фамильный суффикс -ск-, указывающий на происхождение от конкретного лица. Такой способ словообразования — «основа + -ин + -ск(ий/ая)» — характерен для восточных, западных и южных славян. В русской традиции фамилии на -ский/-ская часто закреплялись за дворянскими родами и духовенством, но в народной среде они тоже встречались, особенно на территориях, где была сильна польская или украинская ономастическая традиция.

Корень фамилии — «Магуськ-» — скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Магуська. Такое имя могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Магн (от латинского magnus — «великий») или от редкого имени Магус (возможно, связанного с латинским magus — «волхв, маг»). Впрочем, прозвище Магуська могло достаться человеку необычной профессии — знахарю, колдуну или просто хитрому, «ведуну», — а уже от этого прозвища и пошла фамилия.

Встречается фамилия Магуськина преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в восточной Украине. При этом вариант с ударением на втором слоге — Магу́ськина — указывает на южнорусское или украинское происхождение, тогда как ударение на первом слоге — Ма́гуськина — характерно для северных говоров. Окончание -а в фамилии (Магуськина) — женская форма; мужской вариант — Магуськин.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Магуськин стоит в одном ряду с Магунов, Магуненко, Магусев, Магушкин — все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами, что отражает региональные особенности: на Украине чаще использовали -енко, в Беларуси — -ович, а в русских землях — -ов и -ин.

В исторических документах фамилия Магуськина не зафиксирована в боярских или княжеских родословных, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были людьми вольными или государственными крестьянами, жившими на южных рубежах России, где оседали выходцы из Речи Посполитой. Именно оттуда, с пограничья, и могла прийти эта фамилия — вместе с диалектным произношением и характерным суффиксом.