Фамилия Магуськин — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Магуськин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Магуська. Само прозвище Магуська — это уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от имени Маг, которое в русской традиции могло быть как самостоятельным именем, так и сокращением от Магомет (через татарское посредство). В крестьянской среде XVII–XVIII веков, особенно на юге России и в Поволжье, имя Магомет нередко давали при крещении, а в быту использовали усечённые формы — Маг, Мага, Магуня.

Есть и другая версия: прозвище могли дать человеку, который ворожил, лечил травами или знался с нечистой силой — то есть «магу» в древнерусском смысле слова (от «могу» — умею, владею тайным знанием). Однако эта гипотеза слабее: фамилии от «мага» в прямом значении «колдун» встречаются крайне редко и обычно имеют суффикс -ев (Магов, Магуев), а -ин чаще прикрепляется к личным именам на -а/-я.

Суффикс -к- в прозвище (Магуська) типичен для северных и центральных областей России, где так образовывали бытовые имена от полных форм. Сама фамилия Магуськин почти не встречается за пределами нескольких районов — её можно найти в метрических книгах Нижегородской и Вятской губерний XIX века, что косвенно подтверждает версию о крестьянском происхождении из старообрядческих или обрусевших татарских семей. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -уська не разбираются отдельно, но модель полностью укладывается в его описание отыменных фамилий с суффиксом -ин.

Таким образом, предки носителей фамилии Магуськин с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми, носившими в обиходе имя Магуська — сокращение от Маг (Магомет). Никакой мистики, только живая языковая традиция.