Фамилия Магзинский — одна из тех, где корень не очевиден на первый взгляд, а суффикс указывает на географическое происхождение. Типичная модель для польских, белорусских и западнорусских фамилий: основа + -ский/-цкий. Такая форма в XVI–XIX веках означала либо принадлежность к месту (дворянин из такого-то имения), либо прозвище, закрепившееся за человеком, который оттуда родом.

Самая вероятная основа — топоним Магзино или Магзин. Подобные названия встречаются в исторических документах Речи Посполитой. Корень «магз-» (magz) в польском и белорусском диалектах мог означать «магазин», «склад», «амбар» — слово, заимствованное из итальянского через немецкий. Человек, живший при складе, торговых рядах или владевший лавкой, мог получить прозвище Магза, а его потомки — фамилию Магзинский. Есть и более редкая версия: от старого польского глагола magać (обманывать, хитрить), но она менее убедительна — слишком негативное значение для фамилии, которая закрепилась бы в документах.

Суффикс -ский в данном случае не обязательно указывает на шляхетство. В XIX веке, после разделов Польши, многие крестьяне и мещане получали фамилии на -ский при переписях по названию деревни или местечка. Если предки Магзинских были мелкими торговцами или арендаторами складов, фамилия точно отражала их занятие или место жительства. Встречаются варианты написания — Магзински (полонизированное) или Магзынский (под влиянием белорусской фонетики). В России фамилия редкая, встречается в центральных областях и на западе, куда переселялись выходцы из бывших польских губерний.