Фамилия Макаганюк — один из тех случаев, когда прозвище предка превратилось в фамилию почти без изменений, лишь обработавшись суффиксом. В её основе лежит прозвище Макаган (или Макагон), которое образовано от двух славянских слов: названия растения «мак» и глагола «гнать». Человек по прозвищу Макагон — тот, кто «гнал мак», то есть выжимал из него масло. Это типичное «профессиональное» именование, указывающее на конкретный род занятий предка.

Маковое масло на Руси ценили не как пищевой продукт, а как лечебное и косметическое средство. Его использовали в качестве успокоительного и болеутоляющего — в народной медицине оно заменяло лёгкие снотворные. Женщины применяли его для укрепления волос. Важно уточнить: пищевое маковое масло не обладает наркотическим эффектом, в отличие от опия, и его производство было обычным крестьянским или ремесленным делом.

Фамилия Макаганюк указывает на украинское или белорусское происхождение. На это прямо говорит суффикс -юк, типичный для западно- и южнорусских земель: он означает «маленький» или «сын», то есть Макаганюк — сын Макагана. Однокоренные фамилии (Макагон, Макагоненко, Макагонов) широко распространены на Украине и в Белоруссии.

Изменение гласной в корне — «о» на «а» в фамилии Макаганюк — объясняется влиянием произносительной нормы языка. В разговорной речи безударное «о» часто редуцируется в «а», и это фонетическое изменение закрепилось в письменной форме фамилии. То есть первоначально прозвище звучало как Макагон, но при переходе в фамилию записалось так, как слышалось.

В старину прозвища нередко вытесняли имена не только в быту, но и проникали в официальные документы. Поэтому человек, делавший маковое масло, мог в переписи значиться не по крестильному имени, а как Макагон, а его дети уже записывались Макагонюками или Макаганюками.