Фамилия Макарухин образована от имени Макаруха — народной, обиходной формы крестильного имени Макарий. В переводе с греческого языка Макарий означает «блаженный, счастливый». Такие «полуимена» на -уха (Макаруха, Петруха, Митруха) в старину были распространены в крестьянской и купеческой среде: ласковое или уменьшительное прозвище закреплялось за человеком в быту, а затем переходило его детям и внукам уже в виде фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Макарухин, то есть сын или потомок Макарухи.

Словообразовательная модель Макарухин стоит в ряду фамилий, где основа оканчивается на -ух(а), а не на более привычные -ов/-ев. Это делает её заметной на фоне массовых Макаровых, Макарьевых и Макаркиных. Если Макаров образовано напрямую от канонической формы Макар, то Макарухин — от более просторечного, «домашнего» варианта. Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где суффикс -уха активно использовался в неофициальных именованиях.

Самый известный носитель фамилии — Василий Ианович Макарухин, московский купец. В 1859 году на его средства началось строительство Богородичного Щегловского монастыря недалеко от архиерейского дома. Проект разработал архитектор Императорской Академии Художеств Александр Гавриилович Бочарников, строителем храма выступил иеромонах Никандр, а руководил работами отец архитектора, Гавриил Васильевич Бочарников. Таким образом, фамилия Макарухин закрепилась в истории не только как отчество от имени, но и как след купеческой благотворительности XIX века.

Других сведений о широкой географии фамилии или массовых носителях нет, но по модели образования ясно: предки современных Макарухиных — скорее всего, люди из непривилегированных сословий, крестьяне или мещане, в чьей среде народные формы имён были нормой. Исключение составляет тот самый купеческий род, но и он вырос из той же среды.