Фамилия Македошин — редкий случай, когда географическое название попало в русскую фамилию не напрямую, а через личное имя или прозвище. Основа здесь — Македон, и это почти наверняка не про современную Северную Македонию.

В древнерусской традиции Македоном могли назвать человека в честь святого или библейского персонажа. В святцах есть мученик Македон (IV век), имя которого носили в монашеской среде, но в крестьянском быту оно встречалось редко. Чаще «Македоном» в народе прозывали рослого, статного мужчину — по ассоциации с образом Александра Македонского, героя средневековых «Александрий» и лубочных повестей. Прозвище закреплялось за человеком не по этническому признаку, а за внешность или характер.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Македошин — сын Македона. Модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин застывало в качестве родового имени. В этом ряду стоят и другие редкие фамилии вроде Македонов, Македонский, но Македошин отличается именно суффиксом: если Македонов — «из рода Македона», то Македошин подчёркивает прямое родство по отцу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний, единично на Урале. В южных и западных регионах, где могло быть реальное влияние балканских переселенцев, она почти не фиксируется. Это косвенно подтверждает: корень не этнический, а книжный или прозвищный.

В написании возможна путаница с фамилией Македошин (через «ё»), но в документах XIX века чаще писали через «е» — так же, как имя Македон произносили без редукции. Ударение, судя по говорам, падает на третий слог: Македо́шин.