Фамилия Махаличева — женская форма, мужской вариант — Махаличев. Её основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Махалич, а то, в свою очередь, к глаголу «махать». В русских говорах «махала» — человек, который машет руками, суетится, делает резкие движения, либо, в переносном смысле, — неуёмный, торопливый, размашистый в работе. Слово «махать» имело и узкое значение «веять, обмахивать», так что прозвище мог получить, например, работник на гумне с веялкой.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Суффикс -ич (Махалич) в русских фамилиях обычно указывает на отчество: «сын Махала», так же как Иванович — сын Ивана. Но в XVI–XVII веках формы на -ич закрепились за знатью, а в простонародье превратились в патронимы на -ов и -ев. Поэтому Махалич + ев = Махаличев. Получается, что предок носителя фамилии был известен в своей среде как Махалич — сын человека по прозвищу Махало.

Двойное «и» в корне (Махаличев, а не Махалев) — признак того, что прозвищная форма была именно с суффиксом -ич, а не с простым -л. Сравните с фамилиями Махалов, Махин — они образованы от других основ (от «махать» без отчества, от слова «мах»).

Географически фамилия тяготеет к северо-восточным областям России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях и в Пермском крае. В этих местах «аканье» не свойственно, так что написание с буквой «а» в первом слоге (Махаличев) — исконное, а не орфографическая ошибка. В южных говорах фамилию могли бы произносить как Мохаличев, но на письме закрепился северный вариант.

Редкий суффикс -ичев (вместо более распространённого -ич или -ов) делает фамилию заметной среди однокоренных. По сути, это двойное отчество: сначала указание на отца (Махалич), потом на род (Махаличев). Такая конструкция встречается у фамилий, образованных от прозвищ, которые сами по себе звучали как отчества: Кузьмичев, Фомичев, Лукичев. Махаличев стоит в том же ряду — только основа не от христианского имени, а от бытового прозвища.