Фамилия Махалина чаще всего звучит как женская форма, но в её основе лежит мужское прозвище Махала, от которого и пошёл род. В старину так могли назвать человека за манеру поведения: либо за привычку энергично, широко жестикулировать в разговоре, либо за склонность «махать», то есть работать спустя рукава, делать всё на авось. Слово «махала» в диалектах имело ироничный оттенок — так говорили о непоседе, суетливом человеке, который больше размахивает руками, чем делает дело.

Прозвище Махала легко ложится в словообразовательную модель, по которой в XV–XVII веках на Руси создавали семейные именования. К основе на -а добавляли притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: Махалин сын, Махалина жена, а затем и просто Махалины. Такой тип фамилий характерен для северных и центральных русских земель, где была распространена форма кратких прозвищ. Аналогично возникали фамилии Шаталин от «шатала», Болталин от «болтала» — все они описывали характер предка через глагол действия.

Вторая, менее очевидная версия, связывает прозвище с глаголом «махать» в значении «звать, подавать знак». Махалой могли назвать зазывалу на ярмарке или сторожа, который подавал сигналы. Но эта гипотеза менее убедительна: слишком уж часто в народной речи «махала» звучала с осуждением, подразумевая бестолковую суету, а не осмысленное занятие.

В письменных источниках фамилия встречается в переписных книгах и ревизских сказках, но массового распространения не получила — она осталась сравнительно редкой. Носители фамилии Махалина и сегодня, как правило, имеют русские корни, а их предки, судя по модели образования, были крестьянами или посадскими людьми, поскольку прозвища такого типа редко закреплялись за дворянскими родами.

Что характерно, ударение в фамилии народная традиция ставит на второй слог — Маха́лина, хотя в официальных документах встречаются варианты. Сама фамилия не изменила своей сути: она так и осталась напоминанием о живом, подвижном или, напротив, нерадивом предке, которого соседи окрестили метким словом.