Фамилия Махалкин образована от личного прозвища Махалка и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ин». Этот суффикс указывал на принадлежность: Махалкин буквально означает «сын Махалки», «тот, кто из рода Махалкиных». Такая модель была особенно типична для северных и центральных русских земель, где притяжательные притяжательные формы на -ин и -ов вытесняли более архаичные варианты.

Основа прозвища — глагол «махать». Но за внешней простотой кроется несколько значений. В одном случае Махалкой могли называть человека порывистого, суетливого, который говорит и жестикулирует слишком активно. В другом — того, кто делает всё на авось, надеясь на удачу, «махнул не глядя». В говорах встречается и более конкретное значение: «махалка» — это кисть, которой мажут или красят, поэтому прозвище могло закрепиться за маляром или бондарем, работающим с кистью. Правдоподобнее выглядит версия о поведенческой характеристике: прозвища от глаголов движения и жестов («Махалка», «Моталка», «Бросалка») в русской антропонимии встречаются чаще, чем профессиональные именования с тем же корнем.

Точное место и время возникновения фамилии Махалкин назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век, и шёл неравномерно в разных сословиях. Сначала фамилии закрепились у знати и купечества, позднее — у крестьянства, нередко после отмены крепостного права. Поэтому Махалкины могли появиться и в XVII веке в среде посадских людей, и в XIX веке в деревне. Фамилия редкая, встречается точечно, что типично для прозвищных фамилий, не привязанных к имени святого или географическому названию.

Отдельного внимания заслуживает форма множественного числа «Махалкины». В обиходе и в документах так называют целую семью или династию, и это подчёркивает родовой характер фамилии. В русской традиции такая форма часто использовалась при переписях, когда писали «двор Махалкиных», подразумевая всех домочадцев.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Махалкин — живой памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе разговорную лексику прошлого, ту самую меткую народную речь, которая давала человеку прозвище по одному характерному движению или привычке. И хотя сегодня носители фамилии вряд ли машут руками чаще других, их фамилия хранит память о предке, который когда-то получил это прозвище за свою живость, размашистость или удаль.