Фамилия Махалкин образована от прозвища Махалка, восходящего к глаголу «махать». Однако Махалкой могли называть и того, кто делает все на авось. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махалка, со временем получил фамилию Махалкин.