Фамилия Маханалы — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычного суффикса -ов, -ин или -ский, а окончание -ы указывает на множественное число, что типично для украинских, белорусских и южнорусских фамилий на -ых/-их. Но корень «маханал» в русских говорах не встречается. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная к восточнославянской модели.

Самый вероятный источник — тюркское слово «махана» (варианты: махана, маханат), которое в ряде тюркских языков означает «порок», «недостаток» или «изъян». В переносном смысле так могли прозвать человека с физическим или нравственным изъяном — не от злого умысла, а по характерной примете. В османском и азербайджанском языках «махана» также имело значение «хитрость», «уловка», что могло стать прозвищем для изворотливого или лукавого человека. Форма «Маханалы» — это, по сути, прилагательное с тюркским аффиксом -лы (обладающий признаком), то есть «имеющий изъян» или «хитрец». Когда фамилия попала в русскую среду, окончание переосмыслили под привычное -ы, характерное для фамилий типа Черных, Косых.

Менее распространённая версия отсылает к географическому названию. В Турции и странах Балкан есть топонимы с корнем «махана» (например, Маханалар в Болгарии). В таком случае фамилия могла указывать на выходца из конкретного села или района. Но для русской фамилии эта версия слабее: она не объясняет, почему окончание оформилось как -ы, а не как -ов или -ский.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Маханалы почти не встречается — это указывает на её позднюю фиксацию и узкорегиональный характер. Возможно, она бытовала среди крещёных татар или выходцев из крымско-татарской среды в южных губерниях Российской империи. Сегодня носителей фамилии крайне мало, и они разбросаны по разным регионам, что затрудняет точную привязку к одной местности.