Фамилия Маханалина — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Маханалина — «дочь (или жена) Маханали». Вопрос в том, что стоит за этим именем Маханали.

Самый прямой путь — рассматривать Маханали как вариант личного имени или прозвища, производного от татаро-монгольского или тюркского имени Маханай (Махана) с добавлением уменьшительного суффикса -ли. В тюркских языках «махан» означает «сила», «могущество», а также может быть формой имени Мухаммад. В таком случае Маханали — это человек, связанный с силой или почитаемый, а фамилия Маханалина указывает на его потомка.

Однако есть и более прозаичная версия. В русских говорах, особенно в южнорусских и поволжских, слово «махан» означало мясо (часто конину), а также грубую, некачественную пищу. Прозвище Махана могли дать мяснику, торговцу или человеку с грубыми манерами. Суффикс -ли в этом контексте мог быть просторечным, диалектным элементом (ср. «грязнуля», «растеряха»), превращавшим прозвище в имя-характеристику. Тогда Маханали — «тот, кто связан с маханом» (мясник или любитель поесть), а Маханалина — его наследница.

Стоит отметить редкий суффиксальный элемент -ли, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно -ин присоединяется к основе на -а, но здесь основа сама содержит этот суффикс, что говорит о вторичном образовании: сначала было прозвище Махана, затем от него — Маханали, а уже потом фамилия. Такая цепочка типична для фамилий, возникших в крестьянской среде, где прозвища легко прирастали новыми суффиксами.

География фамилии, судя по редкости, скорее всего, локальная — Поволжье, Урал или юг России, где были сильны тюркские влияния и диалектная лексика. Сословно — скорее всего, крестьянское или мещанское происхождение, без дворянских корней. В официальных документах фамилия могла писаться по-разному: Маханалин (для мужчин) и Маханалина (для женщин), но в быту закрепилась женская форма как основная, что иногда бывает при переписи населения, если в семье не было мужчин-носителей.