Фамилия Маканалина — редкая и необычная по звучанию. В её основе, скорее всего, лежит не каноническое русское имя или прозвище, а заимствованное слово, что сразу выделяет её из ряда типичных «профессиональных» или «патронимических» фамилий.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия означает «дочь (или жена) Маканала». Вопрос в том, что такое «Маканал». Самая вероятная версия — это искажённое или адаптированное на русской почве имя или прозвище тюркского или кавказского происхождения. В языках тюркской группы корень «макан» может означать «место», «жилище», «приют» или быть частью сложного имени (например, Макан-Али). В таком случае «Маканал» — это человек, связанный с определённой местностью или получивший имя в честь неё.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с фамилией Маканин, которая образована от уменьшительной формы имени Макар (Маканя, Макана). В таком случае «Маканалина» — это более поздняя, возможно, канцелярская или диалектная вариация, где к основе «Маканал» добавили типичный русский суффикс. Однако такое удвоение суффиксов (-ал- + -ин) для русских фамилий нетипично, что делает эту версию слабой.

Географически фамилия может встречаться в регионах с давними контактами с тюркским или кавказским населением — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье или на Северном Кавказе, где подобные имена и прозвища могли войти в русскую среду через смешанные браки или соседство. Носитель фамилии Маканалина — потомок человека, которого в округе знали под прозвищем или именем Маканал, что бы оно ни значило изначально.

Точных данных о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет, что говорит о её позднем и, вероятно, простонародном закреплении. В отличие от фамилий на -ский или -ов, которые часто фиксировались у духовенства или служилых людей, Маканалина могла оформиться в среде однодворцев, казаков или крестьян-переселенцев.