Фамилия Маканалин — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В ней сразу заметна нехарактерная для русских фамилий основа «Маканал», которая не встречается в древнерусских именах или прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или семинарского происхождения.

Самый вероятный путь образования — от латинского слова canalis (канал, труба, желоб) с греческой приставкой maca-. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии, образованные от латинских или греческих корней, часто с намёком на характер или внешность. «Маканалин» в таком случае могло означать «тот, кто похож на канал» — возможно, прозвище долговязого, худого или «проточного» человека. Вариант с переосмыслением греческого makros (длинный) и латинского canalis даёт значение «длинный канал» — тоже возможная характеристика для прозвища.

Менее убедительна версия о связи с тюркскими языками, где «макан» означает «место» или «стоянка». В этом случае фамилия могла бы означать «сын того, кто живёт у канала», но форма «Маканалин» с суффиксом -ин указывает скорее на русскую патронимическую модель от прозвища, чем на прямое заимствование. К тому же тюркская основа плохо объясняет вторую часть слова.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Маканалин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маканал. Фамилия недворянская, скорее всего, принадлежала к духовному сословию или мещанству, где такие «учёные» фамилии были особенно распространены.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Маканалина живут в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о семинарском происхождении — такие фамилии давали в духовных академиях Москвы, Казани и других городов. Точных сведений о знаменитых носителях нет, что только подчёркивает редкость и локальный характер этой фамилии.