Фамилия Маканова — женская форма, образованная от мужской фамилии Маканов. Её происхождение неочевидно, и специалисты предлагают две основные версии, резко отличающиеся по корням. Первая связывает фамилию со славянским глаголом «макать» — «окунать, опускать в жидкость и вынимать; погружать, потоплять и снова вытаскивать». В этом случае Маканом могли прозвать человека с заметной пищевой привычкой: любителя макать оладьи в масло, блинчики в варенье или сухари в чай. Прозвище могло закрепиться и за мастером — например, за тем, кто занимался вымачиванием льна или изготовлением маканых свечей. Такие прозвища по действию или ремеслу были обычны в русской деревне, а суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын (или потомок) Макана». По этой модели возникли и фамилии Макаров, Макашин, но основа Макан — более редкая, с усечением корня.

Вторая гипотеза выводит фамилию из восточного имени Макан. В переводе с арабского оно означает «место». Имя встречается у тюркских и кавказских народов, поэтому фамилия Маканова может быть связана с мусульманской традицией именования, где потомок человека по имени Макан получал отчество-фамилию на русский лад с окончанием -ов/-ова. Эта версия особенно правдоподобна для регионов с сильным татарским, башкирским или казахским влиянием.

Выбор между версиями зависит от региона и семейного предания. Если предки жили в центральной России и занимались крестьянским трудом, вероятнее первое, «прозвищное» объяснение. Если же родословная уходит в Поволжье, Приуралье или на Северный Кавказ, стоит присмотреться к восточному имени. Обе гипотезы имеют право на существование, и окончательный ответ может дать только глубокое генеалогическое исследование с опорой на архивные документы.