Фамилия Махлинец — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит топоним, а не личное имя или прозвище. Скорее всего, предок носителя фамилии происходил из местечка Махлин (Махльно) на территории современной Украины или Беларуси. В польских и украинских землях было несколько поселений с похожими названиями — например, Махлин (Mochlin) в Волынской губернии или Махновка (сейчас Казатинский район). Суффикс -ец в восточнославянских фамилиях часто указывает на выходца из определённого места: ср. Могилёвец, Полтавец, Ростовец. Махлинец — это «тот, кто из Махлина».

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа Махлин- плюс типичный патронимический или локативный суффикс -ец. Менее вероятная, но допустимая версия — связь с еврейским мужским именем Махли (вариант имени Махлиэль, встречающегося в Танахе). В таком случае Махлинец могло означать «потомок Махли», но тогда фамилия скорее получила бы суффикс -ович или -ский, как у ашкеназских евреев. Форма на -ец характерна для украинской и белорусской ономастики, поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Фамилия нечастотная. Встречается в основном среди еврейского населения бывшей черты оседлости (Волынь, Подолье, Гродненщина), а также у потомков переселенцев в центральной России. В дореволюционных метрических книгах можно найти запись «Махлинец» как фамилию мещан или крестьян — никакого дворянского или купеческого следа эта фамилия не оставила. В советское время носители рассеялись по всей стране, но концентрация остаётся в Украине и Беларуси.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Махлинец — не единственное производное от того же корня. Встречаются Махлин, Махлиновский, Махлинович. Разница в суффиксах указывает на разные регионы и способы оформления: -ин — типично русский или украинский патроним, -овский — польский шляхетский вариант, -ец — народный локатив. Махлинец стоит в этом ряду как самая «демократичная» форма, без претензий на знатность.

Если коротко: фамилия говорит о том, что ваш предок жил в местечке с названием вроде Махлин или Махновка. Никакой тайны, никакого сложного ремесла — простая географическая метка, которая закрепилась за родом.