Фамилия Махлянкина — женская форма от Махлянкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Махлянка. В основе лежит слово «махля» или «мохля» — в русских говорах так называли нерасторопного, вялого, медлительного человека. В некоторых диалектах «махля» означала также мешковатую, неаккуратную одежду или самого неряшливого человека. Таким образом, прозвище Махлянка мог получить либо медлительный, либо небрежный в быту человек.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Махлянк- добавлен патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Махлянки). Суффикс -анк- (-янк-) в прозвищах часто придавал оттенок уменьшительности или пренебрежения, что усиливает версию о бытовом, неофициальном происхождении фамилии.

Географически фамилия Махлянкины тяготеет к центральным и южнорусским областям, где слово «махля» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Родственные фамилии — Махлин, Махлов, Махляев — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами.

Спорных версий происхождения немного. Иногда пытаются связать фамилию с украинским «махля» (обманщик, плут), но для русских говоров это значение вторично, а прозвище Махлянка вряд ли давали за хитрость — скорее за внешнюю неповоротливость. Версия с «махнуть» (быстрое движение) маловероятна: суффикс -ля- указывает на длительное или повторяющееся действие, то есть на качество, а не на однократный жест.

Таким образом, предок носителей фамилии Махлянкины, скорее всего, был человеком неторопливым, флегматичным, за что и получил своё прозвище. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в бытовой среде.