Фамилия Махмутходжаева — одна из тех, что не вписывается в привычную для русского уха модель на -ов/-ев. Она сложена из двух арабских корней, которые пришли в русский язык через тюркское посредничество, и её разбор сразу даёт ответ на вопрос, кем мог быть предок.

Основа фамилии — составное имя Махмутходжа. Первая часть, Махмут (араб. Махмуд), значит «хваленый», «достойный похвалы». Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено в исламском мире. Вторая часть, ходжа (от перс. хваджа), в разных регионах означает «господин», «хозяин», «наставник» или «потомок пророка». В Средней Азии слово «ходжа» часто указывало на принадлежность к духовному сословию — потомкам первых проповедников ислама. Таким образом, имя Махмутходжа можно перевести как «прославленный наставник» или «хваленый господин».

Окончание -ева — это русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. В данном случае он оформляет женский вариант фамилии (Махмутходжаева — «дочь/жена Махмутходжи»). Мужская форма — Махмутходжаев. Такая модель типична для фамилий, возникших у народов Средней Азии и Кавказа в период вхождения их территорий в состав Российской империи: к местному имени добавляли русское окончание, чтобы фамилия вписалась в документооборот.

Географически фамилия почти наверняка ведёт в Узбекистан или Таджикистан. В этих регионах имя Ходжа и его производные (Ходжаев, Ходжиев) встречаются очень часто, а двусоставные имена вроде Махмутходжа — характерная черта местной ономастики. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком уважаемым — либо религиозным учителем, либо потомком влиятельного рода, либо крупным торговцем (слово «ходжа» в некоторых тюркских диалектах закрепилось и за купцами).

Любопытно, что фамилия сохраняет архаичное написание «Махмут» вместо более привычного «Махмуд». Это может говорить о том, что она фиксировалась в документах до унификации арабских заимствований в русском языке, или же отражает местное произношение, где конечный «д» оглушался.