Фамилия Махолин — одна из тех, где даже носителю неочевидно, от какого слова она пошла. На слух она кажется то ли «махающей», то ли «мохнатой», но на деле её разгадка лежит в уменьшительно-ласкательной форме личного имени, которое сейчас почти вышло из обихода.

В основе фамилии — разговорное имя Махоля. Это народный вариант канонического имени Матвей или, реже, Мамант. В русской традиции имена нередко укорачивали и смягчали, добавляя суффикс -ол- (-ол-я): так появились Махоля, Тимоха — Тимохоля и т. д. Суффикс -ин в конце фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Махолин, то есть сын или потомок Махоли.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Махоля, данным человеку с какой-то характерной чертой. В южных и центральных говорах «махоль» могли назвать нерасторопного, вялого человека (от глагола «махать» в значении «медлить, канителить»). Однако эта гипотеза слабее, потому что основная масса русских фамилий образована от крестильных имён, а прозвищная версия не подкреплена массовыми примерами.

Географически фамилия Махолин встречается нечасто, но прослеживается в нескольких регионах — от Поволжья до центральных областей России. Встречаются варианты написания с одной «л» (Махолин) и с двумя (Махоллин), но первый вариант исторически более точен и распространён.

Таким образом, предки современного Махолина, скорее всего, звались в быту Махолей, а в документах их записывали как Матвеевых. Фамилия не указывает на сословие или ремесло — её носителями могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство, поскольку имя Матвей было популярно во всех слоях общества.