Фамилия Махуля — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а скорее всего, прозвище, данное по внешности или характеру. Слово «махуля» в русских говорах имело несколько значений, но все они сводились к одному: неловкий, неуклюжий человек, разиня. В словаре Владимира Даля «махуля» — это «разиня, вислоухий, простофиля». Вполне вероятно, что именно так прозвали предка, который постоянно что-то ронял, делал всё медленно или был чрезмерно доверчив.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа «махул» плюс окончание -я, характерное для украинских и белорусских фамилий. В русской традиции такой суффикс встречается реже, но в западных регионах (Смоленщина, Брянщина) он обычен: Махуля, как и Коваля, Гончаря, — это фактически застывшее прозвище или имя в звательной форме. Иными словами, фамилия не добавляет суффикса принадлежности (-ов, -ин), а оставляет исходное слово почти без изменений, что указывает на её южнорусское или западнорусское происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с уменьшительной формой имени Матвей (Махвей → Маха → Махуля). В пользу этого говорит то, что в украинском языке имя Матвій могло давать формы вроде Махвій, Махуля. Однако эта гипотеза слабее: слишком уж выразительное и конкретное значение у слова «махуля» в диалектах, чтобы от него отказаться в пользу гипотетического имени.

Географически фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на востоке Украины. Среди носителей нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, образованных от нелестных прозвищ: они редко попадали в дворянские родословные книги. Зато Махуля — яркий пример того, как язык закрепил бытовую черту человека, превратив её в фамильный знак на поколения.