Фамилия Махунов образована от прозвища Махун. Оно берет начало от глагола «махать». Вероятно, именование Махун относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Так могли назвать того, чья работа была связана с процессом проветривания, веяния, используемого при помоле муки на мельнице, при изготовлении льняной ткани. Так и прозвище Махун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Махунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махун, со временем получил фамилию Махунов.