Фамилия Махун — редкий случай, когда основу почти наверняка составляет не имя или профессия, а прозвище, причем звукоподражательное. В русском языке глагол «махать» дал целое гнездо слов, и «махун» — одно из них. Так в говорах называли человека, который любит размахивать руками при разговоре, суетится, делает резкие движения, или же лентяя, который «махает» делом, то есть отлынивает от работы. Второе значение — «хвастун», «зазнайка»: тот, кто «машет» языком, не подкрепляя слова делом. Прозвище цепкое, образное — его могли дать и живому непоседе, и пустому болтуну.

По модели образования фамилия относится к древнейшему пласту: суффикс -ун (как в «говорун», «бегун») превращает глагол в имя деятеля. Это так называемые «именования по характерному признаку» — их давали без всякой привязке к профессии, чисто по поведению. В ранних документах XV–XVII веков такие прозвища легко становились фамилиями без дополнительных суффиксов: в среде крестьян и посадских людей фамилия Махун могла закрепиться уже в том виде, в каком мы её знаем.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и к Украине. В украинском языке «махун» имеет дополнительный оттенок: так могли назвать большого, неуклюжего человека или того, кто «махає» — работает кое-как, спустя рукава. Это не противоречит русской версии, а скорее расширяет её. Встречается фамилия и у казаков — в реестрах Запорожской Сечи прозвища с корнем «мах» были нередки.

Спорных версий у фамилии почти нет. Единственная альтернатива — связь с тюркским «махун» (сорт опиума или конопли), но она маловероятна: для русского уха такое слово звучало бы чужеродно, и вряд ли его стали бы использовать как прозвище в крестьянской среде. Куда правдоподобнее, что перед нами чисто славянское образование от «махать», и предок носителя фамилии был человеком заметным — либо слишком активным, либо, наоборот, любителем «махать» на всё рукой.