Фамилия Махлун — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не славянского происхождения, и её носители в России, скорее всего, имеют корни, уходящие на Кавказ или в Среднюю Азию. В основе фамилии лежит арабское имя или прозвище «Махлун» (محلون), которое можно перевести как «лишённый» или «обделённый». В мусульманской традиции такие имена иногда давали с обережной целью — чтобы отвести от ребёнка сглаз и злые силы, как бы «обмануть» судьбу, показав, что дитя не представляет ценности.

Словообразовательная модель фамилии проста: она не получила типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а сохранилась в исходной форме. Это характерно для фамилий, которые вошли в русский обиход относительно поздно, через документы, или для тех, что принадлежали выходцам из народов, где фамилии часто не склоняются. В дореволюционных метрических книгах можно встретить запись «Махлун» у армян, ассирийцев или народов Дагестана, где арабские имена были распространены благодаря исламу.

Другая, менее вероятная версия отсылает к тюркскому корню «махлу» — «проклятый», «отлучённый». В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, который был изгоем в общине или имел репутацию «нечистого». Однако первая версия — с арабским именем-оберегом — выглядит правдоподобнее, потому что такие имена встречаются в мусульманском именослове регулярно, а прозвище «Проклятый» давали крайне редко.

Географически в России фамилия Махлун встречается точечно, чаще всего на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Москве. Это следы миграций XX века. Кем были предки — судить сложно, но, учитывая происхождение имени, они могли быть торговцами, ремесленниками или крестьянами из Закавказья или Средней Азии. Никакой информации о дворянских родах Махлун не сохранилось — фамилия однозначно не аристократическая, а народная, бытовая.