Фамилия Махлюков — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием на -ов скрывается прозвище с очень конкретным, почти терминологическим значением. В её основе лежит слово «махлюк» — так в южных и центральных областях России называли ловкого, изворотливого человека, плута или мошенника. Глагол «махлевать» (жульничать, особенно в карточной игре) известен с XVIII века, и прозвище Махлюк давали тому, кто промышлял нечестными делами или просто умел обвести вокруг пальца.

С точки зрения словообразования фамилия строится по простой модели: прозвище Махлюк + патронимический суффикс -ов, то есть «сын Махлюка». Форма на -ов — самая массовая в России, она указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где патроним закреплялся за детьми и внуками по мужской линии. Если бы фамилия была Махлюковский, можно было бы говорить о польском или украинском влиянии, но здесь всё укладывается в стандартную великорусскую схему.

Интересно, что прозвище могло быть не только укоризненным. В ряде говоров «махлюк» имело оттенок умельца, хитреца — не обязательно вора, а скорее человека, который выкручивается из любой ситуации. Так что предок Махлюков мог быть не карточным шулером, а просто расторопным торговцем или мастеровым, умеющим «махлевать» в хорошем смысле — быстро и ловко делать своё дело.

Географически фамилия тяготеет к югу России: чаще всего её фиксировали в Воронежской, Курской, Ростовской областях. Встречаются и однокоренные варианты — Махлюковский, Махляков, Махлёв, — но именно Махлюков остаётся основным. Сословной принадлежности у фамилии нет: её носили и крестьяне, и мещане, и казаки. В документах XIX века Махлюковы — обычные государственные крестьяне, без дворянских привилегий.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна эта фамилия не упоминается, что неудивительно: она не относится к числу распространённых. Однако её прозрачная семантика и живой разговорный корень делают её ярким примером того, как русская фамилия может хранить в себе не просто имя предка, а его характер, репутацию или даже профессию — пусть и не самую почётную.