Фамилия Махлай ведет свое начало от аналогичного прозвища, которое происходит от существительного «махлай». В старину в буквальном смысле оно означало «вислоухий» (в архантельских говорах махлаем называли шапку-ушанку), а в переносном - «недотепа, простоватый, доверчивый человек». Поэтому прозище Махлай может указывать либо на особенности внешнего вида, либо на характер предка. Прозвище Махлай носил казак Степан Макуха, герой Очакова, предок этнографа и общественного деятеля Николая Николаевича Миклухо-Маклая (1846—1888). Согласно другой, менее вероятной гипотезе, в основе прозвища Махлай лежит диалектный глагол «махлачить», который в рязанских и вологодских говорах означал «плутовать, мошенничать». В этом случае прозвище Махлай мог получить хитрец, плут. Среди известных представителей фамилии — Владимир Николаевич Махлай (р. 1937), российский инженер, экономист, крупный предприниматель, глава корпорации «ТольяттиАзот»; Александр Александрович Махлай (р. 1944), Герой Российской Федерации, Генерал-майор медицинской службы, Доктор медицинских наук, профессор, Член-корреспондент Российской академии наук.