Фамилия Мохун — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому её происхождение стоит искать не в модели «сын такого-то», а в прямом значении исходного слова.

Самая вероятная версия — основа от древнерусского глагола «мохунить» или существительного «мохун». В диалектах русского языка, особенно северных и сибирских, «мохуном» называли нерасторопного, медлительного или рассеянного человека. Слово образовано от «мох»: метафора строится на том, что мох растёт медленно и покрывает всё незаметно, отсюда и значение «замшелый», «вялый», «забывчивый». Прозвище Мохун могли дать человеку с такой манерой поведения — не злому, но медлительному, «зарастающему мохом» в делах.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «мохун» или «мохун» означает «печать», «клеймо» или «знак». Тогда прозвище могло относиться к человеку, который ставил клейма на скот или товары, либо к тому, у кого была заметная примета на лице или теле. Однако для русской фамилии эта версия слабее: в тюркских заимствованиях обычно сохраняется суффиксальное оформление, а здесь его нет.

Фамилия Мохун встречается крайне редко. По данным современных переписей, основные носители живут в центральных областях России и на Урале, единичные случаи — в Сибири. Скорее всего, фамилия закрепилась в крестьянской среде, где прозвища давали по характеру или внешности, а не по ремеслу.

Отсутствие суффикса говорит о том, что фамилия могла быть записана в документах «как слышалась» — прямо прозвищем, без переделки в отчество. В этом она похожа на фамилии вроде Шум, Гром или Звон, но с более конкретным диалектным корнем.