Фамилия Маковкина женского рода, а её основа — мужское прозвище Маковка. Слово «маковка» в старину имело несколько значений, и каждое могло дать прозвище. В «Толковом словаре» Владимира Даля «маковка» — это прежде всего маковая головка. Отсюда народное сравнение «красна, как маков цвет», так что прозвище Маковка могла получить румяная или красивая девушка, но фамилию (через форму Маковкин) чаще передавали по мужской линии, поэтому логичнее предположить, что прозвище носил мужчина.

Другое значение слова — «верхушка, вершина». В этом смысле Маковкой называли человека, жившего на возвышенности, или просто высокого ростом. Кроме того, прозвище могло указывать на занятие: выращивание мака на продажу было распространённым крестьянским промыслом. Историк Степан Веселовский в своих записях упоминает крестьян с прозвищами Маковица и Маковка в Новгороде XV–XVI веков — это подтверждает, что такие именования бытовали в реальной среде, а не только в книжных толкованиях.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Маковк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Маковкин сын, дочь Маковкина). Со временем форма закрепилась как наследственная. Таким образом, фамилия Маковкина хранит память либо о внешности, либо о месте жительства, либо о ремесле предка — и все три версии имеют под собой реальную языковую почву.