Фамилия Макушненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно указывал на потомка или ученика: буквально «сын такого-то» или «маленький, младший». В этом смысле Макушненко — это «сын Макушны» или «потомок того, кого звали Макушна».

Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Макушна. Его происхождение прозрачно и связано со словом «макушка» — верхняя часть головы, темя, а также вершина чего-либо. В диалектах и народной речи «макушкой» могли называть высокого человека, того, кто «выше всех», или, наоборот, человека с заметной, характерной формой головы. Возможен и переносный смысл: «макушка» как «верхушка», «глава» — так могли прозвать старшего в роду или заводилу.

Менее вероятна, но допустима связь с географическим названием. В Украине есть село Макушне (например, в Черниговской области). В таком случае Макушненко — потомок выходца из этого села. Однако суффикс -енко чаще крепится к личным прозвищам, чем к топонимам, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия характерна для центральных и восточных регионов Украины, где модель на -енко исторически доминировала. В соседней Беларуси или в России (особенно в южных областях) она тоже встречается, но реже — как результат миграции украинского населения в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий вроде Макушенко (с суффиксом -енко, прикреплённым к основе «Макуш»), форма Макушненко сохранила полную основу с суффиксом -н-. Это говорит о том, что прозвище Макушна было устойчивым и самостоятельным, а не краткой формой от имени Макар или Матвей. Никаких документальных свидетельств о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет — вероятнее всего, её носили казаки или свободные крестьяне, что типично для украинских фамилий на -енко.