Фамилия Макушников образована от прозвища Макушник, а оно, в свою очередь, от слова «макушка». В южных русских говорах «макушкой» называли хмель. Хмель в народной традиции — растение двойственное: с одной стороны, он шёл на приготовление напитков и ассоциировался с весёлой, лёгкой жизнью, с другой — считался опасным. Поэтому Макушником могли прозвать либо сборщика хмеля, либо того, кто варил из него брагу или пиво.

Вторая версия, не менее вероятная, отталкивается от прямого значения слова «макушка» — «вершина, верхушка». Такое прозвище — Макушка — давали рослому человеку или тому, кто занимал высокое положение. Фамилия Макушников в этом случае — типичный «патроним на -ов», то есть «сын Макушки».

Есть и третья, более сложная гипотеза. Она связывает фамилию с просторечной формой Макушка от крестильных имён: Мокей (греч. «насмешник»), Максим (лат. «величайший») или Макар (греч. «блаженный, счастливый»). Однако эта версия уступает первым двум по убедительности: в народной среде прозвища от названий растений и черт внешности встречались гораздо чаще, чем переосмысление церковных имён.

Какую бы версию ни принять, фамилия Макушников — один из примеров, когда за простым на первый взгляд прозвищем может скрываться и занятие предка, и его рост, и местный говор.