Фамилия Макушникова образована от прозвища Макушник. Оно ведет свое начало от слова «макушка»: так в южных говорах России называют растение хмель. В народной традиции хмель считался с одной стороны добрым, с другой – опасным растением. Он почитался как необходимая составляющая многих напитков, ассоциировался с весёлой, радостной, лёгкой жизнью. Вероятно, Макушником, называли человека, собиравшего хмель, либо варившего из него хмельные напитки. Не следует исключать и возможность происхождения фамилии Макушникова от прозвища Макушка, которое мог получить рослый человек или тот, кто занимал высокое положение в обществе («макушка» значит «вершина, верхушка»). Существует также гипотеза, согласно которой фамилия Макушникова образована от имени Макушка, производной формы христианских мужских имен Мокей (в переводе с греческого – «насмешник»), Максим (в переводе с латинского – «величайший»), Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Макушник, со временем получил фамилию Макушникова.