Фамилия Макушникова — женская форма фамилии Макушников. В её основе лежит прозвище Макушник, а точнее, слово «макушка». Но вот что именно означало это прозвище — вопрос, на который у исследователей есть как минимум два ответа.

Самая вероятная версия связана с южнорусскими говорами. Там «макушкой» называли хмель. В народной культуре это растение было двойственным: с одной стороны, без него не обходилось приготовление напитков, с другой — за ним закрепилась слава опасного и даже «бесовского». Прозвище Макушник могли дать человеку, который собирал хмель или варил из него пиво и брагу. То есть фамилия хранит память о ремесле предка.

Есть и другая версия, более прямолинейная. «Макушка» — это верхушка, вершина. В этом случае прозвище могло указывать на высокий рост человека или на его высокое положение в обществе. Так могли назвать и того, кто был «наверху» социальной лестницы, и просто долговязого парня.

Менее убедительно выглядит гипотеза, возводящая фамилию к имени Макушка — якобы уменьшительной форме от крестильных имён Мокей, Максим или Макар. Словообразовательная модель здесь спорная: суффикс -ник- в фамилиях обычно указывает на род деятельности, а не на личное имя. Поэтому версия с хмелем или ростом куда надёжнее.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Макушник- добавился суффикс -ов-, что означает «принадлежащий Макушнику», «сын Макушника». Окончание -а указывает на женский род, то есть носительница фамилии — потомок того самого Макушника.