Фамилия Макрушников — редкий пример, когда за малопонятным звучанием скрывается не одно, а два возможных объяснения, и оба ведут в крестьянскую среду. Первое и самое прямое: основа «макруш» — это диалектное прозвище человека с мокрыми, потными руками или того, кто работает в сырости, у воды. В русских говорах «макруша» называли и рыбу (разновидность налима или бычка), и болотистое место, и даже неудачливого рыбака, который всё время «мокрый» возвращается. Второй вариант, не менее вероятный: Макрушников — это вариант отчества от имени Макруш, уменьшительной формы от Макар (через Макаруш). Макар в народе — имя распространённое, а его производные дали целое гнездо фамилий: Макаров, Макарушкин, Макаршин.

Суффикс «-ников» указывает на принадлежность: буквально «сын Макрушника». В русской ономастике модель «прозвище + -ник» часто обозначала человека по роду занятий или характерному признаку, а суффикс «-ов» добавлялся уже при оформлении фамилии. То есть предок носителя мог быть «Макрушником» — тем, кто ловит макруш (рыбу) или живёт на болотистом «макрушнике». В словаре Б. Унбегауна такие фамилии на «-ников» отнесены к патронимическим, образованным от прозвищ с суффиксом «-ник», что типично для северных и центральных губерний России.

Географически фамилия привязана к регионам, где бытовало слово «макруша» — это Владимирская, Костромская, Ярославская области. Встречается она редко, и в дореволюционных переписях её носители почти поголовно числились государственными крестьянами. Никаких дворянских ветвей не зафиксировано — фамилия осталась в нижних слоях, что делает её типичным образцом «говорящей» фамилии, рождённой из быта.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Макрушин, Макрухин, Макарушкин — показывает, что «Макрушников» стоит особняком: у него двойной суффикс «-ник-ов», что в народной среде могло означать не просто «сын Макара», а «сын того, кого прозвали Макрушник». Такие цепочки — редкость, и они ценны для историков языка как свидетельство живого словообразования XIX века.