Фамилия Макрушенко образована по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Левобережье как обозначение потомка: «сын Макруши» или «маленький Макруша». Основа — прозвище Макруша, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «мокрый» через чередование о/а (макрий, макруха). В украинских говорах «макруха» — сырость, слякоть, а «макруша» — либо человек, который часто мокнет (рыбак, бурлак), либо тот, кто живёт у болота или в сырой низине. В ономастических работах Б. Унбегауна и В. Никонова подобные фамилии на -енко от прозвищ с корнем мокр-/макр- относят к типично украинским, сформировавшимся в среде казачества и крестьянства.

Споров вокруг основы почти нет: корень прозрачный, а вариант Макрушенко, а не Мокрушенко, объясняется свойственным украинскому языку отвердением и переходом о в а после шипящих и губных (сравните «макрий» — мокрый). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «макруха» в значении «вид гриба» — тогда прозвище могли дать грибнику или человеку, похожему на мокрый гриб. Однако первая версия правдоподобнее: фамилия географически тяготеет к Черниговщине, Полтавщине и Сумщине — регионам с обилием болотистых мест, где «макруша» было бы естественным прозвищем для жителя сырого урочища.

По социальному контексту Макрушенко — фамилия непривилегированного сословия: суффикс -енко в XVII–XVIII веках редко встречался у шляхты, а преобладал у казацкой старшины, мещан и крестьян. В реестрах Войска Запорожского и метрических книгах Левобережья можно встретить запись «Макрушенко» без уточнения чина, что говорит о рядовом происхождении.

Уникальная деталь: в отличие от распространённой фамилии Мокрушенко (с корнем мокр-), вариант Макрушенко фиксирует именно украинское произношение с отвердением. В российских переписях XIX века фамилию могли записать как Макрушенков, русифицировав окончание, но в родной среде она сохранила исходную форму. Если ищете своих предков, стоит проверять оба написания в исповедных ведомостях и ревизских сказках Черниговской и Полтавской губерний.