Фамилия Малабаева хранит память о предке, которого звали Малабай. Имя Малабай — это фонетический вариант более древнего имени Малбай, распространённого у тюркских народов. В основе лежит сложение двух корней: «мал» (скот, богатство) и «бай» (господин, хозяин, богач). Имя Малбай в буквальном смысле означало «богатый скотом» — в традиционном хозяйстве кочевников это было не просто пожелание достатка, а прямое указание на состоятельность и статус человека. Позже, в разговорной речи, имя стало произноситься как Малабай, и эта форма закрепилась в документах.

Фамилия образована по самой распространённой восточнославянской модели: к основе Малабай добавили суффикс -ев (в женском роде — -ева). Суффикс указывает на принадлежность: Малабаев — это «сын Малабая», «из рода Малабая». Такая модель фамилий (на -ов/-ев) пришла в тюркскую среду через русское делопроизводство в XIX — начале XX века, когда крестьянам и кочевникам массово присваивали фамилии по имени отца.

Географически фамилия Малабаева чаще всего встречается на юге России, в Поволжье и в Средней Азии — в регионах, где исторически жили ногайцы, казахи, татары и башкиры. В русских переписных книгах XVI–XVII веков имя Малбай (а позже Малабай) фиксировалось у служилых татар и башкир, которые несли сторожевую службу на южных рубежах Московского государства.

Особенность фамилии — её «двойная» огласовка: в некоторых ветвях рода сохраняется написание Малбаев (ближе к исходному имени), тогда как Малабаева — результат акающего произношения (когда безударный «о» звучит как «а»). Оба варианта считаются исторически верными, но форма с «а» в первом слоге встречается чаще.

Другие фамилии того же корня — Малбаев, Малбаков, Баймалов — построены от тех же тюркских элементов «мал» и «бай», но в разном порядке. Фамилия Малабаева стоит в этом ряду особняком: она сохранила не только хозяйственный смысл («владелец скота»), но и живую разговорную огласовку, по которой можно судить о региональных особенностях речи предков.