Фамилия Малабаев происходит от личного имени Малабай — фонетического варианта имени Малбай. Её появление связано с тюркской традицией: к основе имени добавляли притяжательный суффикс -ев (в русском языке он указывает на принадлежность: «сын Малабая»). Так что фамилия отвечает на вопрос «чей?» — чей сын? Малабаев.

Само имя Малабай (Малбай) состоит из двух частей. Первая — «мал» (скот, имущество, богатство) или «мала» (ребёнок, детёныш). Вторая — «бай» (господин, хозяин, богач). В тюркской ономастике имена с компонентом «бай» были широко распространены: их давали с пожеланием достатка и высокого положения. Таким образом, Малабай могло означать «богатый скотом» или «владелец скота», а если исходить из значения «мала» — «господин ребёнка» (пожелание иметь много детей).

Встречается фамилия в южных регионах бывшего СССР — в Казахстане, Узбекистане, Киргизии, а также среди башкир и татар. В русском написании ударение обычно падает на последний слог: Малаба́ев. Поскольку имя Малабай — тюркское, его носители, скорее всего, происходили из кочевых или полукочевых семей, где скот был основой благосостояния. В XIX веке такие фамилии закреплялись за крестьянами и казахами, входившими в состав Российской империи, при переписях и воинском учёте.

С точки зрения словообразования, фамилия Малабаев — пример патронимической модели, характерной для тюркских народов, перешедших на русскую фамильную систему. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ев, где основа часто была прозвищем или профессией, здесь основа — полноценное личное имя, которое само по себе несло смысловую нагрузку.