Фамилия Махабаев образована от имени Махабай, которое, предположительно, является производной формой имени Махмутбай. Оно состоит из двух частей: «махмут» и «бай». Первая из них представляет собой один из вариантов имени Мухаммет, которое в переводе с арабского языка на русский означает «восхваляемый, прославляемый». Вторая часть имени Махмутбай восходит к древнетюркскому существительному «бай» со значением «господин, богатый человек». Таким образом, именование Махмутбай можно трактовать как «господин Махмут». Таким образом, потомок человека, которого звали Махабай со временем получил фамилию Махабаев.