Фамилия Махамаев отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и означает «сын (или потомок) Махамая». В её основе лежит личное имя Махамай — один из многочисленных фонетических вариантов имени Магомай, которое, в свою очередь, служит краткой, «домашней» формой знаменитого имени Мухаммад. В переводе с арабского это имя значит «восхваляемый», «прославляемый» — эпитет, который мусульмане традиционно связывают с пророком.

Имя Магомай и его варианты (Махамай, Магомед, Махмуд и другие) широко бытовали на Кавказе и в Поволжье, где исламская традиция именования смешивалась с местными языковыми привычками. Переход «г» в «х» в имени Махамай — не ошибка, а типичная черта некоторых тюркских и кавказских диалектов, где звук произносится мягче или с придыханием. Поэтому фамилии Махамаев и Магомаев — не разные по смыслу, а родственные, разошедшиеся в написании из-за местного произношения.

Русская фамилия оформилась по стандартной модели: к восточному имени добавили патронимический суффикс -ев (после мягкого «й»), и получилось притяжательное прилагательное «Махамаев сын». Со временем эта форма закрепилась как наследственная фамилия. Такой путь — от личного имени через отчество к фамилии — прошли тысячи русских и нерусских родов, принявших православие или просто живших в русскоязычной среде.

Стоит отметить, что в некоторых случаях фамилию могли записать и от прозвища, данного человеку по имени его отца или деда, но это не меняет сути: корень всегда один — имя Махамай. Среди носителей фамилии встречаются представители разных народов — от чеченцев и ингушей до татар и русских, что лишний раз подтверждает её давнюю и широкую географию. Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении конкретных ветвей нет — фамилия бытовала в самых разных сословиях, что типично для имён, перешедших в фамилии в XIX — начале XX века.