Фамилия Махабаева хранит память о родовом имени, от которого образована, и ведет начало от мужского имени Махабай. В основе лежит предположительно производная форма более полного имени Махмутбай, которое было распространено в среде тюркских народов. Это составное имя соединяет два элемента, каждый из которых имеет самостоятельное значение.

Первая часть, «махмут», — один из вариантов имени Мухаммет, восходящего к арабскому корню со значением «восхваляемый, прославляемый». Вторая часть, «бай», происходит от древнетюркского слова со значением «господин, богатый человек». Поэтому именование Махмутбай можно трактовать как «господин Махмут» — уважительное обращение, подчеркивавшее достаток и положение человека.

Сокращение сложного имени до формы Махабай — естественный шаг в живой речи: так имя становилось короче и удобнее в повседневном общении. Именно от этой краткой формы и возникла фамилия: потомок человека по имени Махабай со временем получил фамилию Махабаев. Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду, отвечая на вопрос «чей?», то есть «сын Махабая».

Такая модель образования фамилий типична для многих тюркских культур, где личное имя отца становилось основой для фамилии детей. В данном случае фамилия Махабаева не просто идентифицирует человека, но и служит семейным знаком, соединяющим современного носителя с предком, носившим имя Махмутбай.